SofteN — Résoudre les structures fonctionnelles des nucleocapsides du Virus Respiratoire Syncytial

Le virus respiratoire syncytial humain (VRS) est le principal agent responsable de la bronchiolite chez les jeunes enfants, et un pathogène respiratoire majeur des personnes âgées et immunodéprimées. Malgré l'impact de ces infections en santé humaine, aucun vaccin ni traitement efficace n'est actuellement disponible contre ce virus. La réplication et la transcription du génome du VRS ont lieu dans des usines virales (UVs) cytoplasmiques où se concentrent les protéines virales et cellulaires impliquées dans ces activités. Le génome viral encapsidé par la nucléoprotéine N, forme une nucléocapside (NC) hélicoïdale qui sert de matrice à la polymérase L, associée à son cofacteur la phosphoprotéine virale P, et au facteur d'élongation M2-1. Ensemble, les NCs hélicoïdales, P, L et M2-1 forment la ribonucleoprotéine (RNP) responsable de la synthèse d’ARN viraux. Si les structures de ces protéines et les interactions protéine-protéine impliquées dans le fonctionnement de la polymérase sont caractérisées, l’architecture moléculaire des RNPs au sein des UVs et les différents états structuraux des NCs qui sous-tendent les diverses activités de la polymérase restent inconnus. Ici, nous proposons d’élucider l'organisation moléculaire des UVs du VRS et les différents états fonctionnels des NCs, par l’étude parallèle des NCs dans les UVs et les pseudo-UVs en cellules, purifiées, ou reconstituées in vitro. Cet objectif est complexe en raison de la composition hétérogène, flexibilité et environnement des UVs, ainsi que de la flexibilité conformationnelle des NCs. Pour l’atteindre, nous utiliserons une approche multi-échelle qui repose sur des techniques complémentaires telles que l'imagerie cellulaire, la cryo-CLEM, cryo-FIB/SEM, cryo-ET, cryo-EM, le FAPS et la caractérisation biochimique et biophysique. Les résultats attendus contribueront à une meilleure compréhension de la régulation de la synthèse des ARNs du VRS et à la conception rationnelle des nouveaux antiviraux.