BOVANO — Identification et analyse fonctionnelle d’anomalies génétiques bovines

Le projet BOVANO a pour ambition d’identifier des mutations responsables d’anomalies génétiques dans les races bovines françaises et, pour certaines de ces mutations, de réaliser une validation fonctionnelle. Parce que les émergences sont tardives pour les mutations récessives, une innovation forte du projet vise à les mettre en évidence en amont à partir de la séquence génomique d’un nombre élevé de taureaux. Les bovins constituent un modèle de choix, du fait de l’effectif génétique limité de chaque race (environ 100), de l’information phénotypique de qualité sur un grand nombre d’animaux et des ressources génomiques disponibles. Ce projet bénéficiera de trois initiatives en cours : (a) l’ONAB ou observatoire national des anomalies bovines, rassemblant les partenaires académiques, vétérinaires et industriels pour détecter précocément les émergences ; (b) une grande base de données de génotypages pangénomiques constituée à des fins de sélection génomique (plusieurs centaines de milliers d’individus) ; (c) une grande base de données de séquences de génomes complets capitalisée par différents projets de recherche conduits par les partenaires et au travers de collaborations internationales dans le cadre du projet « 1000 génomes bovins ». Le projet rassemble cinq partenaires spécialistes de génétique, génomique, reproduction et développement de l’espèce bovine, une plateforme de bioinformatique avec de forte compétences dans l’annotation des génomes, une plateforme de séquençage et un partenaire industriel d’envergure nationale, directement concerné par les anomalies génétiques et conduisant une activité de recherches et développement en génétique et reproduction bovine. Le projet comprend cinq tâches : (1) l’identification in silico de mutations candidate considérées comme délétères, à partir de l’analyse bioinformatique de l’ensemble des séquences génomiques disponibles, puis leur validation statistique dans les populations par des génotypages supplémentaires à l’aide d’une puce SNP enrichie avec ces mutations candidates ; la cartographie de mutations récessives responsables de mortalité embryonnaire par une approche de déficit en homozygotes ; (2) la cartographie et l’identification, par génotypage puis séquençage, d’anomalies génétiques observées dans les populations commerciales et détectées par l’ONAB; (3) la caractérisation des mutations létales au stade embryonnaire par suivi et analyse fine du développement d’embryons issus d’accouplements à risque entre porteurs hétérozygotes ; (4) la caractérisation des phénotypes associés à des mutations supposées très délétères sur la base de leur annotation bioinformatique mais observées comme non létales dans les population, à l’aide de l’observation et le suivi de jeunes animaux homozygotes mutés issus d’accouplements à risque ; (5) l’analyse fonctionnelle détaillée de certaines mutations avec des investigations poussées incluant l’analyse du transcriptome de tissus bovins et l’étude de souris transgéniques. Les résultats attendus sont à la fois académiques avec l’annotation et la caractérisation de gènes jusqu’à présent de fonction inconnue ou bien la production de nouveaux outils innovants d’annotation du génome, mais aussi finalisés avec une liste large d’anomalies ségrégeant dans les populations bovines, dont un certain nombre détectés avant toute émergence sur la base de la séquence ou la production d’outils de génotypages intégrés mis à la disposition de la profession bovine pour éradiquer ces défauts.