INVERPATH — Evolution des INVERsions chromosomiques chez les agents PATHogènes

Les inversions sont des réarrangements chromosomiques qui peuvent former des combinaisons d’allèles bénéfiques controlant des phénotypes adaptatifs. Les inversions peuvent être polymorphes au sein des espèces ou peuvent être fixées entre espèces. Les inversions sont identifiées dans un nombre croissant d’espèces d’animaux, de plantes et de microorganismes. Néanmoins, les forces évolutives jouant sur l’évolution des inversions sont encore mal connues. Le projet « INVERPATH » a pour objectifs d’étudier les rôles de la sélection naturelle et des flux de gènes dans la formation et le maintien des inversions chromosomiques chez des champignons pathogènes. Chez le champignon forestier envahissant <i>Cryphonectria parasitica</i>, j’ai révélé une inversion d’environ 1 Mb, qui est maintenue polymorphe dans les populations européennes et contient des <i>Starships</i> (transposons géants pouvant transporter des gènes jouant des rôles adaptatifs). Grâce à des expériences <i>in vitro</i> et en serres et des analyses d’expression géniques, je testerai le rôle adaptatif de l’inversion pour la spécialisation à l’hôte de <i>C. parasitica</i>, sa résistance à un virus causant une hypovirulence et son adaptation à différentes températures. Afin d’étudier l’origine de l’inversion, je testerai l’association entre l’inversion et la présence des <i> Starships</i> grâce au séquençage de plusieurs populations natives asiatiques de <i>C. parasitica</i> et quatre espèces proches, et je rechercherai des signatures d’introgressions ou de transferts horizontaux. Par ailleurs, j’étudierai le rôle des inversions comme barrières aux flux de gènes chez deux espèces de champignons du genre <i>Microbotryum</i> , <i>M. lychnidis dioicae</i> (MvSl) et <i>M. silenes-dioicae</i> (MvSd), spécialisées à leurs hôtes respectifs (<i>Silene latifolia</i> et <i>S. dioica</i>). J’étudierai le rôle des inversions dans la spécialisation, sur des populations naturelles et chez des individus hybrides F2 générées expérimentalement en serre. Ce projet permettra d’améliorer notre compréhension du rôle des inversions et des éléments mobiles dans l’adaptation des agents pathogènes à un nouvel environnement ou nouvel hôte.