COVID-PATH — Pathogenèse du SARS-CoV-2 dans le tractus gastro-intestinal et sa contribution au COVID Long

Des centaines de millions de personnes dans le monde ont été infectées jusqu'à présent par le SARS-CoV-2, le virus responsable de la COVID-19. Il est devenu évident que les particules virales qui causent des problèmes pulmonaires infectent également le tractus gastro-intestinal (GI). Cependant, les conséquences à long terme de l'infection par le SARS-CoV-2 sur le tractus gastro-intestinal demeurent floues. Grâce à des analyses multi-omiques, nous avons identifié des signatures du microbiote fécal ainsi que des biomarqueurs de l'hôte relatifs à la charge virale en ARN du SARS-CoV-2 dans le tractus GI, mettant en évidence un lien possible entre les altérations du microbiome et les niveaux d'ARN virale dans le tractus GI plutôt qu’avec la gravité de la maladie initiale. De plus, nous avons trouvé une compétence infectieuse accrue du microbiome intestinal chez les patients atteints de COVID-19 légère ou asymptomatiques. Dans ce contexte, un nombre croissant de données montrent que même ces sujets peuvent développer des conditions compatibles avec une COVID longue. Étant donné le rôle clé du microbiome intestinal dans les processus physiologiques, y compris le maintien et la régulation de l'équilibre immunitaire, les principaux objectifs de COVID-PATH sont i) d'élucider l'impact de la présence gastro-intestinale du SARS-CoV-2 sur le microbiome intestinal et ii) de mieux comprendre comment ses altérations influencent la pathogenèse du COVID-19 et le développement des symptômes persistants. En intégrant des analyses multi-omiques et un profilage immunitaire longitudinales, les signatures taxonomiques et fonctionnelles du microbiote générées, ainsi que l'identification de biomarqueurs humains de patients COVID-19 atteints d'une infection gastro-intestinale, feront la lumière sur l'activité du virus dans le tractus GI, son rôle dans la progression de la maladie et ses implications cliniques.