DARK-Ag — Mecansimes de régulation controlant l'expression des ARN non-referencés encodant des Antigenes

Seulement 2 % du génome humain code pour des protéines, le reste étant communément décrit comme la face sombre du génome, incluant pseudogènes, éléments répétés et gènes non codants. La majeure partie du génome caché est exprimée spécifiquement au type de cellule, au tissu ou à la pathologie. De plus, des données récentes montrent que le génome caché est largement traduit en micropeptides, dont certains présentent des fonctions cellulaires, ou sont source de néo-antigènes (neoAg). Ces derniers suscitent un intérêt en tant que cibles potentielles pour entrainer la réponse immunitaire. Cependant, l’identité des ARN cachés reste largement méconnue, tout comme les mécanismes de régulation contrôlant leur expression, de la dégradation à la traduction. Le projet Dark-Ag consiste à (i) étudier les mécanismes de régulation de la dégradation et traduciton qui contrôlent les transcriptomes non référencés, (ii) identifier les peptides non référencés exprimés dans les lignées cellulaires humaines, et (iii) déterminer les caractéristiques d'immunogénicité des néoAg identifiés. En utilisant des approches originales « sans référence », de biologie cellulaire et d’immunologie de pointe, ce projet vise à éclairer le génome caché et à déverrouiller les déterminants de l’expression des néoAg. Les équipes de Morillon, Gautheret et Lantz forment un consortium interdisciplinaire unique, réunissant des experts de la découverte d'ARN, de la transcriptomique non codante et en immunologie, dans un environnement (Institut Curie, I2BC-CNRS) qui fournira toutes les plateformes de pointe, de la spectrométrie de masse au séquençage à haut débit.