DaTEPalm — Quantifier l'impact sélectif des éléments transposables chez une espèce clef des oasis, le palmier dattier (Phoenix dactylifera)

L'interaction entre les éléments transposables (ET) et leur hôte est l'un des processus co-évolutifs les plus fascinants trouvés dans la nature. La quantification de l'impact des ETs sur la valeur sélective de leur hôte (fitness) est pertinente sur le plan concret, afin d’identifier les bases moléculaires de phénotypes sélectionnés ou d’évaluer le fardeau mutationnel affectant les populations domestiquées ("coût de la domestication"). Le projet proposé ici s’intéresse à l'impact des ETs sur la fitness de l'hôte, en usant du palmier dattier (Phoenix dactylifera) comme modèle. La culture du dattier est d'une importance économique et sociale cruciale au Moyen-Orient et en Afrique du Nord, et sa consommation ne cesse d'augmenter chaque année. Cependant, le dattier est menacé par des sécheresses toujours plus fréquentes et une salinité croissante des sols du fait des changements climatiques en cours. Une caractérisation précise de sa diversité génétique est donc essentielle pour comprendre l'adaptabilité de cette espèce aux pressions environnementales anthropiques. Le projet utilisera des données génomiques pour examiner le rôle des ETs polymorphiques dans la sélection et la différenciation des variétés de palmiers dattiers à travers l'aire de répartition de l'espèce. Deux questions seront examinées en particulier : Quelle est la distribution des effets sur la fitness des ETs chez les palmiers dattiers ? Peut-on en partie prédire cette distribution à partir de données de génomique fonctionnelle telles que les réseaux de régulation de gènes ? Nous développerons et appliquerons de nouvelles méthodes en génomique des populations pour estimer la fraction d'ETs avantageux et délétères. Nous comparerons les résultats avec des annotations fonctionnelles de novo de l'organisation de la chromatine et des réseaux de régulation pour dresser une vue d'ensemble de l'impact des ETs sur une espèce pérenne d'intérêt agronomique majeur pour le développement.