FAANG - ForE — Functional Annotation of ANimal Genomes (FAANG): un réseaux pour l'Europe

La recherche sur les espèces animales domestiques est cruciale à la fois pour l'acquisition de connaissance scientifique mais aussi pour les nombreuses retombées socio-économiques qui y sont associées. Elle contribue notamment au développement de nouveaux modèles pour la recherche biomédicale, à l'amélioration de la santé et du bien-être des animaux d'élevage et de compagnie et permet d'augmenter durablement la productivité des filières de productions animales. Identifier les éléments fonctionnels des génomes d'animaux d'élevage est une étape essentielle pour définir le lien ente génotype et phénotype et pour le développement de la biologie prédictive. De nombreuses recherches ont été menées depuis des décennies pour comprendre le lien entre l'architecture génétique et les caractères quantitatifs et la publication récente des génomes de référence de ces espèces est un atout pour en comprendre le fonctionnement. Cependant, chez les espèces d’élevage, l'annotation de la séquence de référence est limitée à l'utilisation de données d’expression (cDNA, ESTs, RNAseq) et de polymorphismes (SNPs, CNV). Ce manque de connaissance est une limite forte à la compréhension du lien entre génotype et phénotype chez ces espèces ainsi qu'à l'exploitation de ces données pour des études de génomique comparatives et évolutives. C'est pourquoi de nombreux laboratoires de la communauté scientifique ont entrepris de se fédérer autour d'une initiative commune internationale nommée FAANG (Functional Annotation of ANimal Genomes). FAANG vise à produire des cartes des éléments fonctionnels des génomes des animaux d'élevage et de compagnie et s'inspire de projets antérieures similaires comme ENCODE ou IHEC ( International Human Epigenome Consortium). Ces projets ont démontré qu'il était possible d'améliorer l'annotation fonctionnelle des génomes collectivement, sur la base de grands consortia respectant des protocoles et procédures communes. L'objectif principal de FAANG est le développement de modèles prédictifs basés sur les mécanismes biologiques et génétiques sous-jacents, notamment épigénétiques, au cours de la différenciation et la réponse à des perturbations environnementales en lien avec les caractères de santé et de production, et comment ces mécanismes sont modulés par la variation génétique. L'article concrétisant cette initiative a été publié récemment (Andersson et al. Genome Biol. 2015; PMID: 25854118); le coordinateur de ce projet est co-auteur de correspondance et les partenaires de ce projet sont tous des contributeurs principaux. Ce projet (FAANG-ForE) est le résultat de cette collaboration étroite entre les principaux partenaires européens, aussi bien sur des projets nationaux soumis ou en cours de réalisation et reflète leur participation à la coordination de FAANG. Des contacts récents établis avec la commission européenne nous ont permis d'identifier un plan d'action pour consolider le leadership européen dans FAANG et permettre la création dans le long terme d'un Consortium International de Recherche (ICR). Cette structure est justifiée par la nécessité d’améliorer les génomes de référence et les connaissances des éléments fonctionnels de ces génomes animaux mais aussi par l’importance de l’analyse de la biodiversité pour des recherches appliquées et fondamentales. FAANG-ForE va ainsi permettre de renforcer la position leader de la France et de l’INRA dans la création de ce consortium. La première étape est de proposer pour FAANG une infrastructure européenne au prochain appel d'offre européen "EU Infrastructure proposal for Integrating and opening existing national and regional research infrastructure of European interest" dont la publication est prévu en octobre 2015. L’infrastructure FAANG permettra ensuite de faciliter le dépôt de projets pour les futurs appels d'offre H2020.