GENOAK — Séquençage du génome du chêne et identification de gènes d’intérêt adaptatifs chez les arbres forestiers

Les arbres constituent une composante majeure de l’écosystème. Ce sont des espèces dominantes dans de nombreuses régions du monde, présentent sous diverses formes : des forêts naturelles aux plantations industrielles, en passant par des forêts gérées de façon plus extensives. La famille des Fagacées tient une place particulière. Elle comprend environ 1000 espèces, réparties sur l'ensemble de l'hémisphère nord et dont la moitié appartient au genre Quercus. Ces chênes sont des espèces à fort intérêt culturel et social et jouent un rôle important au niveau économique, assurant des fonctions de production de bois pour de nombreuses filières industrielles et offrant des aménités souvent non marchandes. Comme les autres formations forestières, les forêts de chêne présentent également une fonction écologique, qu’il s’agisse de son rôle de protection de la biodiversité (en offrant un habitat voire un refuge pour la faune et la flore), ou de son rôle dans le cycle du carbone (séquestration du CO2 et régulation de l’effet de serre) dans la purification de l’eau et la protection des sols. Enfin les chênes constituent d’excellents modèles d’étude des mécanismes d’adaptation aux contraintes biotiques et abiotiques qui sont notamment associées aux changements climatiques. La communauté scientifique internationale s’est récemment fédérée afin de coordonner les efforts de la recherche pour séquencer le génome de plusieurs espèces de Fagacées. Ces ressources génomiques permettront d’accélérer l’identification des gènes impliqués dans l’adaptation des ces organismes à leur environnement, et plus particulièrement d’étudier le potentiel adaptatif des arbres dans le cadre des changements climatiques. En Europe, de nombreuses ressources génomiques ont été développées pour le chêne dans le cadre du réseau d’excellence EVOLTREE. Aux Etats-Unis, ces développements ont surtout concernés le châtaignier (genre Castanea), dont le génome est maintenant en cours de séquençage. Enfin, en Chine, ces efforts portent sur les genres Lithocarpus et Castanopsis. Ce projet vise à soutenir la participation française au décryptage du code génétique de ces espèces. Il s’appuie sur une collaboration entre six unités de recherche de l’INRA et le Genoscope (CEA). Il présente trois objectifs majeurs. Il s’agira tout d’abord d’obtenir une séquence de référence du génome du chêne pédonculé (Quercus robur). L’utilisation des nouvelles technologies de séquençage et des méthodes bioinformatiques associées permet de relever ce défit à un coût raisonnable, d’autant plus que la taille physique du génome du chêne est relativement modeste (740 Mb/C). Dans un second temps, l’ensemble du code génétique sera annoté puis mis à disposition de la communauté scientifique. Enfin, le reséquençage de plusieurs individus du complexe d’espèces des chênes blancs Européens (pédonculé, sessile, voire tauzin et pubescent) permettra d’identifier les gènes soumis à la sélection naturelle et impliqués dans leur divergence écologique, et de développer des outils moléculaires permettant de quantifier le potentiel adaptatif de ces espèces via l’analyse de leur diversité nucléotidique.