UPHEBOS — Photodissociation ultra-violet et échanges hydrogène/deutérium pour la structure et l'oxydation de biomolécules

Le contexte général do projet UPHABOD porte sur l'analyse des conformations et structures de protéines par des techniques basées sur la spectrométrie de masse. L'objectif est de développer un méthodologie UVPD/MS/MS complète pour l'analyse, par échanges hydrogène/deutérium d'amides, à la résolution de chaque résidu et d'appliquer cette méthodologie à la caractérisation structurale de protéines impliquées dans les phénomènes de stress oxydant. Afin d'atteindre cet objectif, nous souhaitons étudier le rôle de l'irradiation UV sur les transferts d'hydrogène d'amide de façon à trouver les conditions minimisant la migration des atomes d'hydrogène du squelette. La littérature actuelle pointe sur des résultats incohérents, avec des groupes affirmant que la méthode conserve la position des hydrogènes alors que d'autres montrent un échange conséquent. Nous comptons aborder ce problème d'un point de vue physico-chimique et spectroscopique plus fondamental en visant à l'élucidation des mécanismes impliqués. En parallèle pour faciliter l'approche UVPD/MS/MS, un montage expérimental basé sur une séparation chromatographique nano-UHPLC à température négative et une digestion en ligne en conditions standard sera développé. Nous nous intéresserons particulièrement aux protéines qui subissent des modifications structurales importantes suite à des modifications oxydatives, qui posent un défi du fait de la diversité des états oxydatifs et de la difficulté à les séparer avant l'analyse. Une séparation par spectrométrie de masse peut être utilisée pour séparer les produits d'oxydation et pourvu que les informations sur la structure locale, enregistrées dans la cinétique d'échange H/D soient conservées, il deviendrait possible de déterminer les modifications oxydatives et les cinétiques d'échanges au niveau d'un seul résidu en une seule expérience, conduisant à des informations détaillées sur les effets structuraux des modifications oxydatives.