CdiffRib — Rôle du contrôle basé sur les ARNs dans la physiopathologie de Clostridioides difficile et son interaction avec l'hôte

Clostridioides (Clostridium) difficile est la principale cause d'infections nosocomiales associées à l'antibiothérapie qui induit la perturbation du microbiote intestinal et favorise la colonisation par ce pathogène. En raison des formes sévères associées à une forte réponse inflammatoire et à des taux de récidive plus élevés, un impératif actuel est de développer des traitements alternatifs des infections à C. difficile. Les mécanismes contrôlant le cycle d'infection de cet entéropathogène humain majeur restent largement inexplorés. Les ARN non codants (ARNnc) sont au centre des réseaux contrôlant la virulence et la résistance aux antibiotiques chez les pathogènes. Ce projet s'appuie sur nos données à l'échelle du génome sur une grande diversité d'ARNnc chez C. difficile (cartographie des promoteurs et RNA-seq), la majorité étant spécifique à ce pathogène, leur expression pendant l'infection (dual RNA-seq) et leurs interactions avec la protéine chaperon à l’ARN Hfq (RIP-seq). En plus de la souche de référence nous étendrons le projet à la souche hypervirulente de ribotype 027 avec un impact clinique majeur, afin de mieux comprendre l'évolution de la pathogenèse de C. difficile. Notre objectif est de découvrir les rôles biologiques et les mécanismes moléculaires des riborégulations au cours des infections à C. difficile. Nous utiliserons une stratégie intégrative interdisciplinaire combinant les approches globales et ciblées de la biologie moléculaire et la génétique, des approches bioinformatiques ainsi que des modèles animaux pour identifier les cibles des ARNnc et étudier l'impact de la riborégulation chez C. difficile et pendant l'infection chez l'hôte, en particulier dans la modulation des réponses inflammatoires. Nous espérons identifier des nouveaux mécanismes basés sur les ARN contrôlant le pouvoir pathogène chez C. difficile pour développer à l’avenir de nouvelles stratégies diagnostiques et thérapeutiques afin de limiter le développement de l'infection à C. difficile.