Dyn-Microbiome — Dynamique du microbiome d'un organisme sentinelle aquatique en fonction de contaminants

Le microbiote est un facteur clé pour la santé d’un animal et sa sensibilité aux contaminants. Le projet "Dyn-Microbiome" décryptera la nature et le rôle du microbiote de l'hôte dans la modulation de la toxicité des contaminants pour un animal sentinelle aquatique, l'amphipode Gammarus fossarum, largement utilisé en biomonitoring en France. Nous avons développé une approche innovante en métaprotéomique qui renvoie la composition taxonomique du microbiote, quantifie les biomasses respectives, décrypte leurs principales voies métaboliques et des marqueurs moléculaires de l’hôte. Cette technologie, associée à des données de métagénomiques, permettra i) d’établir si des modifications des paramètres du microbiote sont induits par des toxiques modèles (métaux, hydrocarbures aromatiques polycycliques, antifongiques et antibiotiques), ii) d’évaluer les conséquences néfastes de dysbioses à long-terme pour l'hôte, et iii) de proposer de nouveaux marqueurs moléculaires d’exposition.