meegBIDS.fr — Standardisation, partage et analyse facilitée des données de magneto et électrophysiologie en format BIDS

Toutes les disciplines scientifiques expérimentales, et en particulier celles de la neuroimagerie et des neurosciences font face à des défis de gestion de données, de réplication de résultats scientifiques, ou aux difficultés de réutilisation et de partage de données et d’outils logiciels. Afin d’adresser ces défis, la communauté de neuroimagerie s’engage dans un effort international pour la standardization des données d’imagerie par résonance magnétique (IRM), et plus récemment des données de magnétoencéphalographie (MEG) en 2018 et électroencéphalographie (EEG) en 2019. Ce format appelé BIDS (Brain Imaging Data Structure) a désormais besoin d’augmenter son adoption dans la communauté notamment Française, et cela nécessite le développement d’outils logiciels qui fonctionnent de façon transparente avec des données au format BIDS. Ce projet s’intéresse en particulier à l’écosystème MEG et EEG, moins mature, avec trois objectifs: 1) accélérer les cycles de recherche en permettant aux outils logiciels d’exploiter les données au format BIDS, 2) simplifier le partage de données de qualité à l’aide d’outils automatiques de validation, 3) former les neuroscientifiques Français afin qu’ils exploitent au mieux les données existantes EEG/MEG au format BIDS et publient leurs données sans gros efforts. Afin de répondre à ces trois objectifs, le consortium propose: -de consolider le validateur javascript qui permet de garantir que des données EEG/MEG sont conformes au standard avec un navigateur web. - de rendre le logiciel MNE-Python utilisé par des dizaines de labos dans le monde (approx. 500 citations en 4 ans) plus compatible avec le format BIDS. - de développer les premières applications autonomes (les BIDS Apps) qui permettront l’analyse de données MEG/EEG dans un cloud sécurisé. - de partager avec la communauté des neurosciences des données et scripts d’analyses avancées issus des travaux de recherche des plateformes d’imagerie du CEA Neurospin et de l’Institut du Cerveau et de la Moelle (ICM), afin d’établir des pipelines standardisées de traitement de données à travers labos français et de contribuer ainsi à l’état-de-l’art sur les bonnes conduites de partage de données - d’organiser et contribuer à la dissémination des outils et des savoirs faire, via notamment un événement satellite sur l’écosystème BIDS EEG/MEG lors du workshop CuttingEEG organisé en 2020 à Marseille, et lors d’autres évènements internationaux (BIOMAG 2020, HBM, FENS). Un ingénieur sera recruté pendant 18 mois en interaction entre Inria, le CEA Neurospin et l’ICM.