SLIM-labeling — Protéomique haute performance par réduction de la complexité isotopique in vivo

L’un des problèmes les plus complexes en biologie est d’analyser la dynamique des variations de structure et de composition de protéomes complexes, pour mieux comprendre les mécanismes de régulation de l’expression génique dans des conditions normales ou pathologiques. En utilisant du glucose ne contenant que des atomes de 12C, nous avons développé une méthode très simple de marquage métabolique (le SLIM-labeling) qui permet d’analyser avec une très grande efficacité des protéomes complexes, aussi bien par l’analyse des peptides que par l’analyse des protéines intactes. Nous proposons maintenant de développer une suite logicielle adaptée à l’analyse des données obtenue, de valider nos nouvelles approches quantitatives par des analyses statistiques rigoureuses, et d’étendre la méthode à l’analyse quantitative des variations d’abondance et d’état des protéines intactes, dans des systèmes biologiques complexes, des organismes pluricellulaires et des cultures de cellules humaines.