PATH2BOS — Paléogénomique de la domestication des bovins pour enrichir les stratégies durables de sélection

Le but du projet Path2Bos est de reconstituer l’évolution génomique des bovins depuis leur domestication initiale, il y a 10,000 ans en Anatolie, jusqu’à nos jours, en utilisant une analyse paléogénomique de témoins directs de cette évolution. Il s’agit d’identifier les régions génomiques codant pour les caractères qui ont été sélectionnés initialement et qu’il serait donc important de préserver lors des sélections génétiques actuelles. Le projet repose sur une caractérisation paléogénétique préalable de ~700 échantillons d’ossements archéologiques vieux de ~9000 à 1000 ans et correspondant à des bœufs domestiques anciens ainsi qu’à leur ancêtre sauvage, l’aurochs. Nous avons génotypé le génome mitochondrial et séquencé sa région hypervariable à partir d’environ 200 échantillons anciens permettant de suivre l’évolution des haplotypes des différentes populations anciennes depuis la domestication initiale en Anatolie et leur évolution en Europe et en Afrique du Nord depuis le Néolithique jusqu’au Moyen-Age. Grâce à la capture de séquence, nous avons obtenu le mitogénome complet de 40 échantillons représentatifs qui nous ont permis de dater les événements de radiation des différentes populations d’aurochs ancestrales et ainsi de distinguer la contribution des changements climatiques à la transition Pléistocène-Holocène des événements dus à leur domestication. Nous avons séquencé le génome d’un aurochs anatolien de 9,000 ans, ancestral aux populations domestiquées, qui nous servira de référence pour suivre les changements génomiques et les pressions de sélection qui se sont exercées lors de la domestication. Nous proposons de séquencer une trentaine de génomes anciens afin de les comparer avec une abondante base de données génomiques et phénotypiques de bœufs modernes pour reconstruire les pressions sélectives réalisées aux différentes phases préhistoriques et historiques. Nous séquencerons aussi les génomes de plusieurs races rustiques afin de caractériser les variations génétiques ancestrales qui sont maintenant perdues, ou en cours de l’être, au sein des populations bovines actuelles intensivement sélectionnées. Nous utiliserons des approches statistiques élaborées par un des partenaires pour identifier les régions sous sélection et pour caractériser les paramètres associés, force, âge et étendue de la sélection, degré d’accomplissement... En combinant les résultats de GWAS obtenus par un des partenaires et les génotypes observés chez les génomes ancestraux, nous serons à même de reconstruire l 'évolution de plusieurs caractères polygéniques au cours de l'histoire des bovins domestiques. Notre projet permettra (1) d’améliorer la détection des régions sous sélection dans le génome bovin, (2) d'estimer l'intensité de la sélection dans chaque région, ainsi que la période, la zone géographique et le caractère concernés, (3) de caractériser la variabilité ancienne impliquée dans des traits importants pour l'espèce domestique mais risquant d'être perdue en raison de la sélection intensive récente, et de contribuer ainsi à la durabilité des pratiques de sélection des bovins. Par conséquent, Path2Bos permettra degénérer une nouvelle forme d’annotation du génome bovin qui enrichira les stratégies actuelles de sélection. Un des points forts du projet est l’originalité des observations génomiques obtenues. Un autre point fort est la complémentarité des expertises des différents membres du consortium, de la paléogénomique à la statistique et la génétique des populations, et des jeux de données qu’ils ont accumulés (grande collection d'échantillons archéologiques d'une part, et d'individus génotypés et phénotypés d'autre part).